Inocencio III (1198-1216) manda remozar el gran mosaico[1] del ábside (24 m. de largo por 12 m. de altura) tal como se presenta en nuestros días, y el papa Honorio III[2] completa el equipo de mosaicistas con artistas venecianos que habían trabajado en la Basílica de San Marcos de Venecia.

Las aportaciones artísticas son muchas, como el baldaquín gótico de Arnolfo di Cambio[3], sobre el altar papal y sobre la tumba, la decoración de la fachada de Pietro Cavallini, el claustro de los Vassalletto[4] y el candelabro monumental de Nicola D’Angelo y Pietro Vassalletto[5].

La Basílica ya no es sólo un lugar importante de peregrinación, sino uno joyero del arte paleocristiano, bizantino y gótico, universalmente reconocido.

1) Este grandioso mosaico fue restaurado en los siglos XVI - XVIII y, tras el incendio del siglo XIX, fu reconstruido utilizando parte del viejo. Fragmentos del mosaico original, que representan las cabezas de los Apóstoles se hallan expuestos en los Salones de la Exposición Permanente.
 
2) Vemos al papa Honorio III, prosternado a los pies de Cristo. Pablo VI se refiere a esta imagen en su primera alocución a los obispos del Concilio Vaticano II, el 29 de septiembre de 1963: “La majestad radiosa de Jesús resalta en el Pantocrátor, así como en vuestras Basílicas, venerables hermanos de las Iglesias de Oriente y de Occidente. Y Nos mismo nos reconocemos en la persona de nuestro predecesor, Honorio III, en el espléndido mosaico de San Pablo extramuros, representado en adoración ante Cristo, pequeño de estatura y postrado en el suelo para besar los pies de Cristo el cual, grandioso, preside la asamblea reunida en la Basílica, esto es, la Iglesia”.

3) El rico y delicado ciborio gótico (1285), de arcos ojivales trilobulados, en cuyos nichos angulares están las figuras de Pablo, Pedro, Timoteo y Benito, representó el punto de partida para un nuevo arte figurativo. Se apoya sobre cuatro columnas de pórfido.

4) El claustro adyacente al transepto sur representa el ápice del arte de los Cosmati (taller de los Vassaletto, comienzos del siglo XIII). La arquería, formada por pequeños arcos de medio punto y sobre ellos una estupenda cornisa adornada con mosaicos, descansa en una serie de cuatro pequeñas columnas dobles, todas distintas, lisas, estriadas y entorchadas.

5) Desde el siglo X el candelabro está cerca del altar vacío durante la liturgia del Sábado Santo. El candelabro de San Pablo es un ejemplo excepcional de la obra de los marmolistas romanos de finales del siglo XII y comienzos del siglo XIII: representa escenas de la Pasión y de la Resurrección con decoraciones animalistas y floreales. Se leen los nombres de Nicola d’Angelo y Pietro Vassaletto.