La presencia de una comunidad monástica se remonta al papa Gregorio I, Magno (590-604).

Pero es el papa Gregorio II quien constituye de manera estable la comunidad benedictina, aún existente.

En el 936 Odón de Cluny emprende la reforma monástica y desde entonces el abad toma el nombre de “abbas et rector Sancti Pauli”.

El abad más célebre es el monje Hildebrando de Soana, quien, tras haber trabajado en la renovación de la Basílica y de la vida de su monasterio, fue elegido Papa con el nombre de Gregorio VII (1073-1085) y emprende la reforma de la Iglesia, llamada reforma gregoriana.

La abadía controlaba entonces un amplio patrimonio feudal.

Conocerá periodos de gran esplendor espiritual, pero también periodos oscuros, hasta la confiscación de sus bienes en 1870; los monjes, sin embargo, jamás abandonaron el oficio junto a la tumba del Apóstol.

La actividad monástica reanudó con vigor antes de los comienzos del siglo XX , dedicándose de manera especial al ministerio de la Penitencia y a la obra de la unidad de los cristianos.

Aquí el papa Juan XXIII anunció el 25 de enero de 1959 la convocación del Concilio Vaticano II.

La Biblioteca antigua posee más de 10.000 volúmenes del siglo XV al siglo XVII (con ediciones de los maurinos y bolandistas) mientras que la moderna posee más de 100.000.