La Pontificia Comisión "Ecclesia Dei" fue instituida por Juan Pablo II con el Motu proprio promulgado el 2 de julio de 1988, tras el gesto cismático de las ordenaciones episcopales ilegítimas realizadas por el Arzobispo Marcel Lefebvre en Ecône (Suiza).

La Carta Apostólica indica la finalidad de la Comisión: colaborar con los Obispos, con los Dicasterios de la Curia Romana y con otros ambientes interesados para facilitar la plena comunión eclesial de los sacerdotes, seminaristas, comunidades y religiosos y religiosas, hasta ahora, de alguna manera, ligados a la Fraternidad fundada por Monseñor Lefebvre, que deseen permanecer unidos al Sucesor de Pedro en la Iglesia Católica, conservando sus tradiciones espirituales y litúrgicas, a la luz de Protocolo firmado el 5 de mayo de 1988 por el Cardenal Joseph Ratzinger y el Arzobispo Lefebvre.

La Comisión ha tenido dos funciones, haciendo uso de las facultades especiales que le fueron concedidas por el Papa:

1. Regular la situación canónica de un cierto número de comunidades religiosas de índole tradicionalista, ya existentes, pero sin reconocimiento por parte de la Iglesia, dándoles una forma canónica correspondiente a su carisma. Se ha encontrado, además, una integración eclesial para no pocos sacerdotes tradicionalistas, hasta ahora sin incardinar.

2. Colaborar con los obispos locales para satisfacer a numerosos grupos de fieles unidos a la tradición litúrgica latina, que solicitan la regular celebración de la Santa Misa según el rito del 1962 en sus diócesis; estos grupos existen en Europa (Francia, Suiza, Alemania, Austria, Inglaterra e Italia), en América (Estados Unidos, Canadá, Argentina, Chile) y en Australia.

La Comisión, en tal caso, puede indicar al Obispo local alguna vía para salir al encuentro de estos fieles, o hacer presente la necesidad de "respetar las justas aspiraciones" de estos fieles.

La Comisión tiene un Presidente, Cardenal Angelo Felici, un Secretario, Monseñor Camille Perl, y otros colaboradores. Un grupo de "expertos permanentes", formado por representantes de los Dicasterios interesados, presta preciosos servicios con su consejo y pericia.