El precursor de la Pontificia Academia de las Ciencias fue el "Linceorum Academia", fundado en Roma en 1603. Tras algunas vicisitudes, Pío IX la llamó en 1847 "Pontificia Accademia dei Nuovi Lincei". Fue ampliada por León XIII en 1887 y en 1936 recibió de Pío XI su nombre actual.

Actualmente es la única Academia de las Ciencias con carácter supranacional existente en el mundo. Tiene como fin: honrar la ciencia pura dondequiera que se encuentre; asegurar su libertad y favorecer las investigaciones, que constituyen la base indispensable para el progreso de las ciencias. La Academia se encuentra bajo la dependencia del Santo Padre. Su Presidente, elegido por cuatro años, es desde 1993 el Profesor Nicola Cabibbo, italiano. Forman parte de ella 80 Académicos de nombramiento pontificio, propuestos por el Cuerpo Académico y elegidos sin discriminación de ningún tipo entre los más insignes cultivadores de ciencias matemáticas y experimentales de cada país. El Director de la Cancillería es Monseñor Renato Dardozzi.

A los 80 Académicos se suman los Académicos "Perdurante munere" por razón de su oficio, y los Académicos de Honor, por razón de sus méritos hacia la misma Academia.

La Pontificia Academia de Ciencias Sociales fue fundada por Juan Pablo II el 1 de enero de 1994, con el Motu Proprio "Socialum Scientiarum". Su objetivo, dice el artículo nº 1 de su estatuto, es "promover el estudio y el progreso de las ciencias sociales, económicas, políticas y jurídicas a la luz de la doctrina social de la Iglesia".

La Academia es autónoma y al mismo tiempo mantiene una estrecha relación con el Pontificio Consejo "Justicia y Paz", con el que coordina la programación de las diferentes iniciativas. El número de sus Académicos Pontificios, también nombrados por el Papa, no puede ser ni inferior a 20 ni superior a 40. Actualmente son 31 y proceden de 24 países de todo el mundo, sin distinción de confesión religiosa. Son elegidos por su alto nivel de competencia en alguna de las diversas disciplinas sociales.

El Presidente es el Profesor Edmond Malinvaud, de nacionalidad francesa. La Academia es sostenida financieramente por un Consejo de Fundación cuyo Presidente es el Profesor Hubert Batliner. El Director de la Cancillería es el mismo que el de la Pontificia Academia de las Ciencias, Monseñor Dardozzi.

En la presentación de la Academia de Ciencias Sociales, el Arzobispo Jorge María Mejía, entonces Vicepresidente del Pontificio Consejo "Justicia y Paz", leyó el discurso preparado por el Cardenal Roger Etchegaray. "La Academia que el Papa acaba de fundar -decía- tiene la ambición de afrontar algunos desafíos de la sociedad moderna: quiere ser un gran centro de 'diálogo interdisciplinar' sobre los problemas cada vez más complejos, que influyen sobre el hombre".

Con el Motu Proprio "Vitae Mysterium" del 11 de febrero de 1994, Juan Pablo II instituyó la Pontificia Academia para la Vida. Sus objetivos son: estudiar, informar y formar sobre los principales problemas de biomedicina y de derecho, relativos a la promoción y a la defensa de la vida, sobre todo en la relación directa que éstos tienen con la moral cristiana y las directivas del Magisterio de la Iglesia. Para realizar estos fines, en octubre de 1994 se instituyó la fundación "Vitae Mysterium".

La Academia para la Vida tiene autonomía propia, y mantiene relaciones con el Pontificio Consejo para la Pastoral de los Agentes Sanitarios y con varios Dicasterios de la Curia Romana empeñados en el servicio a la vida.

Tras el fallecimiento de su primer Presidente, el Profesor Jérôme Lejeune en abril de 1994, la Academia ha sido y es presidida por el Doctor Juan de Dios Vial Correa, chileno. Cuenta con la ayuda de un Vicepresidente, el Obispo Elio Sgreccia, Secretario del Pontificio Consejo para la Familia y de un Consejo Directivo de 5 Académicos pontificios.

Pertenecen a la Academia 70 Miembros -nombrados por el Papa-, que representan las distintas ramas de las ciencias biomédicas y aquellas que están estrechamente relacionadas con los problemas concernientes a la promoción y defensa de la vida. También hay 3 Miembros "ad honorem" y Miembros por correspondencia que trabajan en Institutos y centros de estudio sobre la cultura de la vida. El Consejo Directivo nombra un Secretario que, bajo la dirección del Presidente, coordina la organización de los trabajos de la Academia.