Con la Constitución "Immensa" de 1588, el Papa Sixto V erigió la "Congregación pro universitate studii romani" para supervisar los estudios en la Universidad de Roma y en otras importantes universidades de esa época, incluidas las de Bolonia, París y Salamanca.

León XII creó en 1824 la "Congregatio studiorum" para las escuelas del Estado Pontificio, que desde 1870 iniciaron a ejercer autoridad en las Universidades Católicas. La Reforma de San Pío X en 1908 confirmó esta responsabilidad. Siete años más tarde, el Papa Benedicto XV erigió en la Congregación la sección para los seminarios que existían dentro de la Congregación del Consistorio, uniéndola a la "Congregatio studiorum", con la denominación de "Congregatio de seminariis et studiorum universitatibus."

En 1967, Pablo VI la llamó "Sacra Congregatio pro institutione catholica". El nombre actual: Congregación para la Educación Católica (en seminarios e institutos de estudio), data de 1988 con la "Pastor Bonus" de Juan Pablo II.

Como todas las Congregaciones, tiene un Prefecto, un Secretario y un Subsecretario, que son respectivamente el Cardenal Zenon Grocholewski, el Arzobispo Jean-Louis Brugučs  y Monseñor A.Vincenzo Zani. Tiene 31 Miembros -Cardenales, Arzobispos y Obispos- un equipo de 25 personas y 31 Consultores. Pertenecea esta Congregación la Pontificia obra de las vocaciones sacerdotales, cuyo Presidente es el Cardenal Grocholewski.

Este Dicasterio tiene autoridad en tres sectores distintos: en los seminarios (con la excepción de los que están bajo la jurisdicción de las Congregaciones para la Evangelización de los Pueblos y para las Iglesias Orientales) y casas de formación de religiosos e institutos seculares; en todas las universidades, facultades, institutos y escuelas de estudios superiores eclesiásticas y civiles que dependen de eclesiásticos; en todas las escuelas e instituciones educativas que dependen de autoridades eclesiásticas.

La actividad de la Oficina para los Seminarios incluye visitas apostólicas a instituciones católicas, preparación para recibir a los obispos cuando realizan las visitas "ad limina", nombramientos de Rectores y erección de seminarios. Ha elaborado "Directrices sobre la preparación de los formadores en los seminarios" y ha instituido la Comisión Interdicasterial Permanente para una distribución más justa del clero en el mundo. También publica la revista "Seminarium".

La segunda sección de la Congregación, la Oficina para la Universidad, es responsable de aprobar los Estatutos de centros educativos nuevos o ya existentes, del nombramiento o confirmación de rectores y decanos, de la aprobación o concesión de doctorados "honoris causa". Debido a una creciente solicitud, ha publicado normas para institutos o universidades que deseaban unirse.

La Oficina para las Escuelas Católicas colabora con otros dicasterios de la Curia Romana sobre cuestiones de interés mutuo, mantiene contactos con obispos y con representantes pontificios fuera de Italia para estar siempre al día sobre los sistemas educativos de todo el mundo, y se relaciona con organizaciones católicas nacionales e internacionales en relación con la educación católica.

Algunas de las cuestiones que estudia esta oficina se refieren a la educación sexual en las escuelas católicas, a problemas relacionados con la enseñanza moral o religiosa en las escuelas públicas, al cierre de escuelas católicas en algunos países y, en otros, al reconocimiento jurídico de las escuelas católicas y de los bienes y propiedades eclesiales.

En 1994 la Congregación para la Educación Católica, en colaboración con la Congregación para los Institutos de Vida Consagrada y las Sociedades de Vida Apostólica, organizó el I Congreso Continental Latinoamericano sobre Vocaciones, que tuvo lugar en Sao Paolo (Brasil) del 23 al 27 de mayo. Este año se celebró la 32ª Jornada Mundial de Oración por las Vocaciones.

La Congregación publica todos los años estadísticas sobre las ordenaciones de seminaristas y sacerdotes en todo el mundo, que aparecen en "Actividades de la Santa Sede" y en el "Anuario Pontificio".